От 1995 г. до 1996 г. за децата в Православното училище се грижат богословът Росен Дончев (сега Константийски епископ Яков) и монахиня Евпраксия. През 1996 г. се включват нови преподаватели - презвитера Светослава Йорданова, а на по-късен етап и монахиня София. От 2001 г. в дейността на училището взема участие и Валентин Атанасов, а от 2011 г. всички възрастови групи в неделното училище се поемат от презвитера Вера Еринина. През 2003 г. към Неделното училище се сформира вокална група, която просъществува до 2010 г.

В периода от 1994 г. до 2013 г. дейността на Православното училище е под ръководството на Негово Високопреосвещенство Неврокопския митрополит Натанаил, който с отеческа любов откликва на духовните потребности на децата. От 2014 г. това дело продължава Негово Високопреосвещенство Неврокопският митрополит Серафим.

За духовното израстване на възпитаниците на Православно училище „Св. Николай Мирликийски Чудотворец“, заедно с учителите по вероучение, се грижат и свещеници от Гоцеделчевска духовна околия.

През годините неделното училище провежда своите занимания на различни места: в Неврокопска св. митрополия, в Народно читалище "Просвета-1865", в храмовете „Св. св. Кирил и Методий“ и „Успение Богородично“. От 2014 г. неделното училище се помещава в зала на хотел „Неврокоп“.

В часовете по вероучение учениците, разпределени в групи по възраст, се запознават с истините на светата православна вяра, с житията на светиите, изучават молитви, кратки църковни песнопения и тропари, детски православни песни, изработват иконки, кръстчета и др. Усвояването на евангелските добродетели чрез примери от живота на светиите допринасят децата да се учат да живеят на дело Божиите заповеди.

За големите християнски празници се организират тържества, които изпълват с умиление и радост сърцата на присъстващите духовници, родители и гости.

Възпитаниците на Православно училище „Св. Николай Мирликийски Чудотворец“, гр. Гоце Делчев, вече четвърт век се запознават с истините на вярата, изучават живота на светиите и вземат пример от тях, научават се на отговорност, добросъвестност, жертвоготовност и любов и така заемат своето място в живота като достойни граждани на своята Родина.