На 22 февруари 1945 г. Вселенската патриаршия в Цариград отменя схизмата против Българската православна църква и провъзгласява автокефалността й.
В началото на 1945 г. са проведени избори за екзарх, на които е избран Софийският митрополит Стефан. Изборът не е случаен. Новият екзарх е един от най-авторитетните български владици по това време - ерудиран богослов, дипломат и оратор. Още преди провеждането на самите избори е решено седалището на българската екзархия да бъде преместено от Цариград в София, а българският екзарх, който и да е той, да бъде същевременно и Софийски митрополит. По този начин една от основните пречки за вдигането на схизмата отпада.

Веднага след избирането си, екзарх Стефан изпраща писмо до Вселенската патриаршия за уреждането на въпроса с разделението. Скърбейки за досегашната раздяла, екзархът моли Вселенския патриарх да съдейства да се възстанови братското общение и благодатният мир и да се създадат редовни канонически връзки между светата Вселенска патриаршия и Българската православна църква и да се признае тя  за автокефална. Църковна делегация, в която влизат Неврокопският митрополит Борис, Търновският митрополит Софроний и Величкият епископ Андрей, е упълномощена да води преговорите и да подпише акта за вдигане на схизмата.

Официалната аудиенция на българските представители с Вселенския патриарх Вениамин е насрочена за 9 февруари 1945 г. Вселенският патриарх Вениамин, макар и доста болен, присъства на официалната церемония. След размяната на приветствия, последвани от кратък разговор с българските делегати, патриархът се оттегля. Започват същинските преговори. Патриаршията участва с трима представители, които са и членове на съставената от нея комисия по въпроса за схизмата. Председател е Халкидонският митрополит Максим (бъдещият Константинополски патриарх Максим V).

Преговорите започват с кратък обзор на историята на схизмата. След това думата взима митрополит Софроний. В своето изказване той подчертава два факта: преместването на седалището на екзархията от Цариград в София и отказът на българската делегация да отслужи св. Литургия в екзархичските църкви в Цариград без благословението на Вселенската патриаршия.

За основа на преговорите служат условията, разработени и приети през 1934 г. в Йерусалим. На 12 февруари, по време на второто заседание на комисията по вдигане на схизмата, е решено тези условия да бъдат прочетени, проверени и преподписани от членовете на комисията. После се пристъпва към четенето им точка по точка и след като се констатира, че всички са съгласни и единодушно се решава те да бъдат вписани на гръцки и на български език в протокола и да се пристъпи към тяхното изпълнение.

На третото заседание на 19 февруари текстът на протокола е подписан от членовете на двете комисии. На 22 февруари е свикано извънредно заседание на Патриаршеския Свети синод, което решава да се отмени осъждането (схизмата), което е било произнесено на 16 септември 1870 г. против Българската православна църква; да се създадат канонически връзки между Вселенската патриаршия и БПЦ и да се провъзгласи автокефалията на БПЦ. След това в патриаршеския параклис Св. ап. Андрей” се състои тържество с богослужебно последование за прочитане и подписване на патриаршеския и синодален акт за вдигане на схизмата.

На 24 февруари Св. Синод на Българската православна църква в София разглежда текста на телеграмата, получена от Истанбул, в която се съобщава, че схизмата е вдигната и е взето ршение да бъдат отслужени съвместни литургии. Във връзка с това се взима решение и за отпускане на допълнителни средства на църковната делегация за уреждане на формалностите, както и за закупуване на два литра розово масло, необходимо за приготвяне на миро.

След завръщането на синодалните пратеници с официалните документи, Св. Синод провежда в София тържествено заседание, посветено на вдигането на схизмата. То е открито от екзарх Стефан, който прочита томоса (бел.ред. документ, издаден от Св. Синод на Цариградската патриаршия, с който се отменя схизмата и се дарява автокефалия), две писма от Вселенския патриарх и изложение на Св. Синод за историята на вдигане на схизмата.